microRNAs(miRNAs)是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發夾結構的約70—90個堿基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉錄后水平調控蛋白表達（最新發現microRNA也能在轉錄水平調控基因表達）。microRNA在物種進化中相當保守，在動物、植物和真菌等中發現的microRNAs表達均有嚴格的組織特異性和時序性。microRNA在細胞生長和發育過程中起多種作用，包括調控發育、分化、凋亡和增殖等。

上海伯豪生物技術有限公司作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業技術服務子公司，不斷強化生物芯片相關技術服務平臺建設，為國內外客戶提供專業化解決方案。在miRNA芯片領域，經過嚴格平行試驗優選，先后建立起三大技術平臺：Agilent miRNA芯片平臺（針對動物miRNA，已經進行了11812份樣品的miRNA芯片檢測服務），Affymetrix miRNA芯片平臺（覆蓋203個物種）以及ABI miRNA定量芯片平臺（定量原理），為客戶提供最具針對性的高端技術服務。

 

Agilent miRNA芯片服務

安捷倫科技有限公司（Agilent Technologies Inc.）作為國際領先的生物芯片制造企業，利用其先進的芯片生產工藝，開發出具有獨特設計的miRNA檢測芯片，能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區分高度同源的miRNA 分子。該平臺還具有特異性高、靈敏度高等特點。可以廣泛地應用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達狀態，并通過分析其調控的靶基因來深入分析其調控機制或生物學功能。 

Agilent microRNA芯片探針設計圖

 

Agilent microRNA芯片技術特點
1. 唯一能通過特殊的探針設計區分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺；
2. 無需分離miRNA，直接用Total RNA 進行實驗，只需100ng的Total RNA 即可用來進行標記實驗（不包括質檢所消耗的量），避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響；
3. 樣品適用范圍廣：組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗；
4. 高特異性：特殊的專利探針設計能區別一個堿基的差異；
5. 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，最高可達6個log，只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出；
6. 數據來源于miRBase 21.0版本，并方便及時更新；
7. 人、大鼠、小鼠之外的動物物種，可以方便的通過earray進行個性化定制。

相關技術文章：Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA
相關介紹視頻：MicroRNA研究的綜合解決方案

 

Agilent miRNA芯片服務推薦 

 

服務內容：總RNA抽提、樣品質檢、microRNA標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析。

Agilent microRNA芯片相關技術文章 — FFPE材料的microRNA分析 
Zhang X, Chen J, Radcliffe T, Lebrun DP, Tron VA, Feilotter H. An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples. J Mol Diagn. 2008. 10(6):513-9.
使用芯片技術研究miRNA通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本。但是世界上大約有數十億份組織樣品保存在醫院或者組織樣品庫中，絕大多數是使用福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE)的樣品。數量巨大的樣品蘊含著無限的科學研究的機會同時也是研究者們很棘手的研究對象。如何從這些樣品中獲取我們需要的生物信息呢？該文章中，Queen’s Cancer Research Institute 使用Agilent miRNA芯片對快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應的FFPE樣本進行了研究。 
結論：檢測自FFPE樣本中抽取miRNA在技術上是可行的；Agilent miRNA芯片平臺的數據顯示出其在抽提、標記和雜交過程中的高度重復性。

Agilent microRNA芯片相關技術文章 — 血漿樣本進行microRNA分析
Wang K, Zhang S, Marzolf B, Troisch P, Brightman A, Hu Z, Hood LE, Galas DJ. Circulating microRNAs, potential biomarkers for drug-induced liver injury. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(11):4402-7.
該文章用血漿中獲得的特異性microRNA作為標志物，監控Acetaminophen（對乙酰氨基酚,退熱凈）過量使用對肝臟造成的藥物性損傷。
結論：該方法的靈敏度要高于傳統的ALT（谷丙轉氨酶）指標。

miRNA芯片分析

1. 歸一化
microRNA芯片采用的歸一化的方法為quantile normalization，loess normalization。
2. 差異基因篩選
microRNA的差異篩選，同表達譜的篩選方法是一致的，參見表達譜的差異基因篩選。
3. miRNA靶基因預測
microRNA結合在靶基因的3’ UTR，下調靶基因．miRNA靶基因預測有多種方法．我們主要利用TargetScan數據庫關聯microRNA的靶基因。

對microRNA 進行靶基因預測的結果表格

4. miRNA與靶基因網絡圖
將顯著性功能與顯著性Pathway所包含的靶基因取交集后與microRNA構建基因與microRNA調控網絡（待確認），可以在全局的水平上直觀的反應基因之間的相互關系，同時反映了基因調控網絡的穩定性。根據網絡中microRNA的位置函數計算出microRNA在網絡中的關系強度，即microRNA的網絡特征值。特征值最高microRNA處于網絡的樞紐性地位，該microRNA調控能力最強，對網絡結構和樣本性狀有重要的調控價值，同時從網絡中也可以得到被microRNA調控的關鍵靶基因。

5. miRNA－GO　Network
miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建microRNA功能調控的網絡圖。網絡圖可發現MicroRNA調控的多種基因功能，并通過網絡分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心基因功能。

6. miRNA－Pathway Network
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關系，與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建miR- Pathway調控的網絡圖。網絡圖可發現MicroRNA調控的多種信號通路，并通過網絡分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心信號通路。

7. miRNA的轉錄因子的預測
為了研究miRNA的調控機制，首先預測miRNA的promoter區域，根據miRNA的promoter區域，利用HMM來預測結合的轉錄因子。
8. miRNA與表達譜芯片平臺的聯合分析
miRNA與表達譜芯片平臺的聯合分析除了和甲基化與表達譜芯片分析類似外，還可以將miRNA預測的靶基因和表達譜芯片的差異基因取交集，進行miRNA-DiffGene-Network。  

單位介紹

•        上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據國內外研發外包發展的需要，整合旗下系統技術平臺、商業化服務體系、高素質服務團隊等資源成立的致力于研發外包服務的專業化公司。

  上海伯豪生物技術有限公司擁有六大服務平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術平臺和多樣化的服務等競爭優勢，公司向國內外企業和相關單位提供系統的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業（包括排名前10位的跨國制藥企業）和超過3000家的國內科研機構、醫院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術服務。 

  公司擁有一支以上海為基礎，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網絡，已設立華北、華南、華東三個大區十五個辦事處，推廣公司的主導技術服務、代理產品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數超過10000個，用戶單位3000家以上，協助客戶發表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務產業的發展。 

  公司建立了規模化的質量控制體系，通過了ISO9001: 2008質量技術體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數據信息管理、保密等進行嚴格質控。尤其是數據管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數據真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統化技術平臺和高質量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續獲得了國際知名高通量技術廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優秀服務商”稱號。

  
  

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