唯一全面覆蓋非編碼&編碼基因的表達譜芯片

      近年的研究表明基因的轉錄調控受到多種模式的影響，其中microRNA調控是重要的調控模式。現已發現，基因的轉錄后調控并不是簡單的microRNA-mRNA的沉默機制，而是一個復雜的調控網絡：很多非編碼RNA分子富含microRNA結合位點，在細胞中起到miRNA海綿（miRNA sponge）的作用，進而解除miRNA對其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達水平，這一作用機制被稱為競爭性內源RNA（ceRNA）機制。而在ceRNA機制中，circRNA和lncRNA是最典型的miRNA海綿吸附體。因此，深入了解基于circRNA和lncRNA的ceRNA調控機制，有助于我們更好的理解個體發育或疾病發生發展過程中的精細調控機制，也有利于提示我們circRNA或者lncRNA在藥物開發和疾病診治中的應用前景。

芯片特點

• 芯片覆蓋circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片數據同時提供三個層面的表達信息，circRNA和lncRNA作為典型的內源競爭性RNA，此款芯片可以讓您暢游ceRNA調控研究。
• circRNA所有探針設計基于最新最全的國際主流circRNA數據庫信息。
• 環狀RNA -特異的反向剪接位點探針設計，保證每個探針檢測的特異性，避免與母基因之間的冗余影響。
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• lncRNA及mRNA-探針設計基于最新基因組版本（human/GRCh38(hg38)），涵蓋GENCODE V21、Ensembl 、UCSC、NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb等核心lncRNA數據庫；生物信息專家對來自上述數據庫的全部lncRNA序列進行序列比對，去冗余，并對精簡后的lncRNA序列設計特異探針，尤其對于有部分重疊序列的lncRNA與mRNA 進行了很好的處理。

芯片參數
 
 
數據分析流程

  
高級分析展示（部分）

ceRNA調控分析

      近年來，一些研究顯示circRNA和lncRNA可作為miRNA的海綿吸附體，競爭靶向的mRNA，這類circRNA和lncRNA稱為內源性競爭RNA（ceRNA）。ceRNA分析基于基因的表達值，通過回歸模型分析以及種子序列匹配的方法，建立microRNA的海綿吸附作用的調控網絡，找到核心的ceRNA。

ceRNA調控網絡

 
注: 線代表不同的microRNA，藍色為mRNA，紅色為circRNA，綠色為lncRNA
 

lncRNA和mRNA共表達分析

      共表達網絡圖（Coexpression Network）是根據基因表達信號值的動態變化，計算基因間的共表達關系，得到基因間的表達調控關系及調控方向，從而構建基因的表達調控網絡。通過研究lncRNA與mRNA的共表達關系，研究者可通過分析lncRNA調控能力，獲得樣本隨實驗變化的核心調控lncRNA。

 
lncRNA靶基因預測（cis，trans）

      選取與lncRNA距離小于10kb的gene作為cis作用的靶基因。Trans預測采用數據庫是物種對應的gene序列數據庫。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據國內外研發外包發展的需要，整合旗下系統技術平臺、商業化服務體系、高素質服務團隊等資源成立的致力于研發外包服務的專業化公司。

  上海伯豪生物技術有限公司擁有六大服務平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術平臺和多樣化的服務等競爭優勢，公司向國內外企業和相關單位提供系統的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業（包括排名前10位的跨國制藥企業）和超過3000家的國內科研機構、醫院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術服務。 

  公司擁有一支以上海為基礎，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網絡，已設立華北、華南、華東三個大區十五個辦事處，推廣公司的主導技術服務、代理產品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數超過10000個，用戶單位3000家以上，協助客戶發表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務產業的發展。 

  公司建立了規模化的質量控制體系，通過了ISO9001: 2008質量技術體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數據信息管理、保密等進行嚴格質控。尤其是數據管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數據真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統化技術平臺和高質量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續獲得了國際知名高通量技術廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優秀服務商”稱號。

  
  

單位資質

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